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在Ubuntu中安装R的几种方式总结

近来笔者由于研究需要,开始研究Linux系统,并动手安装了VMware和Ubuntu软件。 因缘际会(主要是自己开始入坑Github)发现之前在Windows下安装失败的一个R包bignmf无法安装原因。

这个包只能在Ubuntu上测试运行。所以之前在windows上根本无法编译和安装。所以笔者打算在Ubuntu上安装R并安装这个包进行使用。
这里简单解释下bignmf包的用处,它是基于Rcpp和RcppEigen两个包,通过底层C++代码调用实现的一个R包,实现的算法是NMF(Nonnegative Matrix Factorization,非负矩阵分解),作者是爱荷华州立大学的潘岚峰大神。当然R本身自带也有NMF包,不过语法不是很友好的感觉,此外最近笔者也发现了另外的可以在windows上运行的NMF的R包,NMF的理论和应用方面,包括bignmf的编译安装,后面有时间会更新(先挖坑),这里不做详细介绍。
回到本篇的主要目的,如何在Ubuntu中安装R。
这里提供三个方法:1.Linux安装软件的普遍方法——命令行;2.新立得软件包;3.从官网下载R语言环境源码,自行编译安装。
1.基于命令行的方法
首先先进入/etc/apt/sources.list,变换软件源,同时进入管理员权限

cd /etc/apt/
gedit sources.list

在最下面添加一行,deb后面的网址是镜像,根据你的喜好选一个(反正我推荐清华的,速度快,不过之前用厦大的也不错),具体的镜像地址见后面的网址。

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/

https://cran.r-project.org/mirrors.html

而ubuntu xenial则是根据ubuntu版本确定的。我的是16.04,所以是xenial。具体的看官方说明,文末贴链接。

完了之后先更新下软件源。就可以开始安装R了。如果我们需要自行编译R包并且安装的话,就需要在安装r-base-dev。不过笔者测试过,3.3.3版本的r-base自带了r-base-dev。所以不需要进行额外安装。

apt-get update
apt-get install r-base
apt-get install r-base-dev

完了之后,官方推荐还可以再加个软件源,是关于R的拓展包的。这里贴出命令的通用格式,可以根据需求替换<>的内容。
也可以添加下载的公共秘钥。

apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ trusty-backports main restricted universe

完了之后,在命令行里敲入r,出现下面的页面说明安装成功。

2.基于新立得软件管理包
新立得软件管理包是Linux下的神器,可以很方便的管理各类软件和依赖库等(上篇提到的WRF-DA模块编译依赖库有些是用这个安装的,具体过程等介绍WRF安装时补充)。当然一开始我没在我的Ubuntu软件里找到新立得。后面仔细翻了下软件列表。发现了这个软件——Synaptic Package Manager,这个就是新立得软件管理包了。启动它,搜索r-base,如图,右击标记安装,然后应用。

3.基于自行编译的方法
自行编译的方法,笔者没有具体尝试。但是看了下官方文档。大致的流程如下:
官方推荐是组织一个文件夹进行安装,一级文件夹为R_Home,然后把源码解压到R_Home下面,并在下面建立src, doc等多个二级文件夹。
然后回到R_Home文件夹。以管理员身份进入。

./configure
make
make check
make check-all

make check-all是针对全部的编译的(可选),最后在安装即可。

make install

可以改变安装路径

./configure --prefix=/where/you/want/R/to/go
make prefix=/path/to/here install

具体可以见官方文档(链接见文末)
在R装好的情况下,为了写代码方便,推荐安装R最好的IDE,Rstudio。
这边Rstudio的安装就不展开讲了。下载好deb安装文件,直接加命令行安装即可。

dpkg -i rstudio-1.0.136-amd64.deb

在Linux中用Rstudio简单画个散点图。

R语言linux安装官方文档:

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

R语言镜像地址:

https://cran.r-project.org/mirrors.html

R语言linux编译安装官方文档:

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installation

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